دومین نسخه از سری Call of Duty: Black Ops نه تنها داستان «الک میسون» و «فرنک وودز» را ادامه می‌دهد بلکه سناریو بازی ، بازه‌های مختلف زمانی از سال 1980 تا سال 2025 میلادی را دربرمی‌گیرد. این عنوان اولین بازی از سری «کال آو دیوتی» است که داستان و ماموریت‌های آن به صورت غیرخطی دنبال می‌شود و بازی در مجموع دارای 5 پایان اصلی و 1 پایان فرعی است. همچنین هر تصمیم گیمر باعث عوض شدن روند داستان و گیم پلی می‌شود ؛ موضوعی که ارزش تکرار بازی را چند برابر کرده است.
